Di film ini menceritakan Thomas yang memimpin pelarian Gladers di misi terakhir dan sangat berbahaya. Untuk menyelamatkan teman-temannya, mereka harus menerobos masuk ke tempat legendaris bernama Last City, sebuah labirin yang dikontrol WCKD dan mampu berubah menjadi labirin paling mematikan yang pernah ada.
Siapapun yang berhasil keluar hidup-hidup akan mendapat jawaban yang selalu ditanyakan para Gladers sejak mereka tiba di labirin pertama.
