Film ini mengisahkan tentang dua bersaudara yang bernama Meg dan Charles Wallace, yang telah ditinggal pergi oleh ayahnya selama empat tahun. Ternyata, Charles telah mengetahui sebuah jalan untuk mencari keberadaan ayahnya. Charles akhirnya bertemu dengan Mrs. Whatsit, Mrs. Which dan Mrs. Who untuk menuntunnya ke dunia dimana ayahnya berada, yang ternyata berada di alam lain!
Karena Meg yang terlalu terkejut dan bingung tentang keberadaan dunia tersebut, awalnya Meg selalu menolak dan bersikap skeptis terhadap yang ia lihat. Namun lahan perlahan, ia menuruti setiap langkah yang menuntunnya ke jejak ayahnya. Namun, apakah sekumpulan anak-anak ini mampu menemukan ayahnya, yang terjebak di dunia yang bahkan ayahnya sendiri tidak mampu memecahkannya?
