Memiliki jumlah member yang cukup banyak, Super Junior pun menjadi grup K-Pop dengan subgroup terbanyak. Hingga kini, Super Junior memiliki 5 subgroup diantaranya Super Junior K.R.Y (terdiri dari Kyuhyun, Ryeowook, Yesung), Super Junior-M atau Mandarin, (terdiri dari Siwon, Sungmin, Donghae, Kyuhyun, Eunhyuk, Ryeowook, Zhoumi, dan Henry).
Selain itu ada juga Super Junior-T atau Trot, pop Korea lawas (terdiri dari Leeteuk, Heechul, Kangin, Shindong, Sungmin, dan Eunhyuk). Ada juga Super Junior-H atau Happy (terdiri dari Leeteuk, Yesung, Kangin, Shindong, Sungmin, dan Eunhyuk).
Yang terbaru ada duo dari Donghae dan Eunhyuk yang juga dikenal dengan D&E, yang belakangan cukup sangat digemari oleh para pecinta musik K-Pop dengan warna musiknya yang cukup berbeda.
